يتم ضمان أمان البوابة والأنظمة التابعة لها في المركز الوطني لنظم الموارد الحكومية خلال تطبيق عدة مستويات حماية ومنها، وجود مستوى الحوكمة المتماشي مع جميع ضوابط الهيئة الوطنية للأمن السيبراني وأفضل الممارسات العالمية مثل أيزو 27001، وأيضاً يوجد مستوى الحوكمة عن طريق المجلس الاستشاري للتغييرات والتي تضمن أن جميع التغييرات على البوابة تتم بناءً على أفضل معايير الأمن والحماية، وإضافة على ذلك يتم عمل اختبار اختراق بشكل دوري على الأنظمة على الأقل مره واحد سنوياً ويتم مسح الأنظمة أمنياً (كل 3 أشهر)، وتم تطبيق أيضاً وظائف الحماية مثل ميزة التحقق الثنائي للدخول على مواقع، وفرض قيود عالية على كلمات المرور وغيرها. ويضمن المركز الوطني لنظم الموارد الحكومية درجة عالية من الأمان على جميع تجهيزات وخوادم البوابة, حيث أنه تم تجهيز أحدث أجهزة الحماية إضافة إلى نشر أفضل أنواع برامج مضادات الفيروسات على جميع الخوادم التي تعمل عليها البوابة.

سياسة أمن المعلومات